בית אהרנסון מוזיאון ניל"י ניצב בזכרון יעקב בפינת רחוב המייסדים ושדרות ניל"י. הבית המיוחד אשר עומד על תילו למעלה מ 130 שנה, מעורר סקרנות רבה והבאים בשעריו נכנסים לחצר קסומה, חצר בה ניתן לגעת בעבר, לשמוע את משק כנפי ההיסטוריה. בחצר הבית נטועים דקלי וושינגטוניה אותם הביא אהרן אהרנסון מקליפורניה בשנת 1912. הביקור במוזיאון כולל: מיצג אור קולי, כניסה לבתי המשפחה, כניסה למנהרת המסתור וביקור בחלל התצוגה.
מיצג אור קולי – תחילה נכנסים המבקרים לצפות במיצג אור קולי המתאר את קורות מחתרת ניל"י. המיצג מרתק את קהל המבקרים אשר לומדים על רקע התקופה, הסיבות להקמת המחתרת, מטרות ניל"י, כיצד פעלו חברי ניל"י ומה עלה בגורלם.
בתי המשפחה – לאחר מכן, עוברים המבקרים לסיור מודרך בבתי המשפחה: בית ההורים וביתו של אהרן.
בית ההורים – נבנה בשנת 1884. הביקור בבית ממחיש היטב כיצד התנהלו החיים בבית משפחת אהרנסון. מן התצוגה ניתן ללמוד שמדובר במשפחה אשר הקפידה על אורח חיים מסורתי ושמירת השבת. הבית מרוהט בסגנון מזרח אירופאי. הרהיטים והכלים בבית הובאו על ידי בני המשפחה מרומניה. שולחן האוכל ניצב כפי שהיה ערוך בעבר, מוכן תמיד לקבל את פני הבאים. בבית ההורים נמצא אוסף כלי נחושת אשר נאסף על ידי אם המשפחה במשך השנים. רבקה, הבת הצעירה, המשיכה לגור בבית ההורים עד פטירתה בשיבה טובה בשנת 1981. רבקה שמרה בקפדנות על הבית בו גרה ולא שינתה בו דבר, למעט המטבח ששופץ בשנת 1936. כל הרהיטים והכלים בבית נשמרים מאז ועד היום בדיוק כפי שהיו בתקופה בה ההורים חיו בו.
בית אהרן – הבית נבנה בשנת 1896. חדר האורחים בבית אהרן מרוהט בסגנון מזרחי, ברהיטים אשר נרכשו בדמשק ומיוחדים בעבודת מוזאיקה המשלבת צדף ופיסות עץ קטנטנות. במשקוף דלת חדר האורחים מצוי "סליק" בו הוטמן האקדח.
המיטה והארון בחדר השינה, נבנו בידי הנגר האומן ריבניקר מזכרון יעקב. כהוקרה לאהרן על "גילוי אם החיטה" החליט ריבניקר לגלף חיטה על כל רהיט ושידה בחדר השינה של אהרן.
בחדר האמבטיה בבית אהרן, שמה שרה קץ לחייה. בחדר זה תלויה חליפת הבגדים המקורית שהכינה לעצמה ללבוש. בקצה הבית, ליד חדר האמבטיה, ישנו פתח ברצפה. פתח זה מוביל למנהרה, דרכה ניתן היה להימלט לשדות.
המנהרה – בבית אהרן קיים פתח של מנהרת המסתור, בה היו חברי ניל"י מקיימים את פגישותיהם הסודיות ובה החביאו מסמכים ונשק.
במהלך שנת 2015, לקראת ציון מאה שנה להקמת מחתרת ניל"י הושלמה מלאכת שימור ושיחזור המנהרה. מעתה יכולים המבקרים במוזיאון להיכנס למנהרה, לעבור דרכה ולחוות בדרך נוספת את תולדות מחתרת ניל"י. המבקרים הנכנסים למנהרה אינם יכולים שלא לחזור לאחור בזמן ולחשוב על העבר. לנגד עיניהם קמים לתחייה אבשלום, שרה, יוסף, אהרן וחבריהם. כך חשים המבקרים כאילו היו שותפים לספורה של מחתרת ניל"י.
התצוגה – הביקור במוזיאון מקנה למבקר ידע המבוסס על עובדות היסטוריות. בתצוגה ניתן לראות ולהתרשם מהמסמכים ההיסטוריים, ומהמוצגים הרבים הכוללים: מפות, חפצים אישיים, דגם של תחנת הניסיונות בעתלית, תצלום כניסתו של הגנרל אלנבי בראש חייליו לירושלים ועוד. התצוגה במוזיאון מאפשרת ללמוד על נושאים כגון: מאבק חברי ניל"י בשלטון העות'מאני, שואת העם הארמני והקשר להקמת ניל"י, דרכי העברת הידיעות, יחס הבריטים לחברי ניל"י ומכתבי התודה וההערכה אשר נכתבו על ידי ראש המודיעין הבריטי, קולונל אורמסבי גור והגנרל אלנבי. כמו כן, מוצג במוזיאון אות ההוקרה שהוענק לאלכסנדר אהרנסון מהמלך ג'ורג' החמישי. בתצוגה מוצג גם מכתבה האחרון של שרה ולידו האקדח בו ירתה בעצמה.
חצר המוזיאון – החצר הגדולה והשולחנות הפזורים בה, מאפשרים למבקרים הרבים מקום מנוחה ו"הפסקת אוכל".